针灸科是国家中医药管理局针灸学重点学科、全国第七批老中医专家学术继承指导老师单位、华东地区区域中医（针灸）诊疗中心联盟建设单位、福建省吴氏针灸流派传承工作室、福建省针灸重点专科、福建中医药大学针灸学科的重要临床基地、针灸学硕博点。

针灸科拥有博士生导师1位，硕士生导师3位。已培养博士生5人，硕士研究生109人，在读博士生1人，在读硕士生37人；针灸科是福建中医药大学各专业本科生、硕博士研究生的临床实习基地，担任本科生、规培生、进修生的临床带教工作，其中包括来自港澳台地区和国外的学生和进修生。

针灸科主持国家自然科学基金项目2项，省厅级及其他课题20多项，发表学术论文100余篇，其中SCI文章13篇。出版《吴氏浅针术》《快速取穴彩色图解》等26本。

针灸科拥有病房床位46张，年出院1000余人次；门诊床位50张，年门诊量3.5万人次。针灸科拥有雄厚的人才队伍，在传承福建省第六批非物质文化遗产项目——浅针术、无痛弹指进针法等主要技术特色的基础上，以针灸治疗为主，开展埋线、长蛇灸、火针等各种特色治疗方法，中西医结合诊治临床各系统疾病，包括骨关节疾病（膝关节骨性关节炎、颈椎病、腰椎间盘突出、腰肌劳损、肩周炎、肩袖损伤、网球肘、踝关节扭伤、强直性脊柱炎等）、呼吸系统疾病（支气管哮喘、慢性支气管炎、慢性咳嗽等）、消化系统疾病（慢性胃炎、慢性肠炎、胃肠功能紊乱、消化不良、术后肠梗阻等）、心血管疾病（高血压病等）、神经系统疾病（中风后遗症、面瘫、偏头痛等）、泌尿系统疾病（前列腺增生、排尿困难、女性尿道综合征等）、妇科疾病（痛经、月经不调、慢性盆腔炎、不孕等）、眼科疾病（干眼症、眼肌麻痹等）、耳鼻喉科疾病（慢性鼻炎、慢性咽炎、耳鸣耳聋）等、皮肤科疾病（青春痘、湿疹、带状疱疹等）。