儿科是福建中医药大学本科、硕士、博士的教学单位，拥有国务院特殊津贴专家、国家级和省级老中医药专家学术继承人指导老师、博士和硕士研究生导师、福建省百千万人才等中西医专家多人。形成以小儿肾脏病、生长发育专科（小儿内分泌）、小儿过敏性疾病（鼻炎、哮喘、湿疹）、腺样体肥大、反复呼吸道感染、厌食、积食与便秘、儿童保健为特色的临床专科专病门诊，采用中西医结合、内服外治结合的诊疗方法，临床疗效显著，荣获多项省部级科技成果奖。

小儿肾脏病专科：省名中医郑健主任医师牵头的研究团队，应用中西医结合的方法治疗小儿肾脏疾病，临床疗效显著，科研硕果累累，其成果位居全国领先水平。

小儿生长发育专科：为医院特色专科，是省内最早开设的儿童生长发育专科门诊之一，应用中西医结合方法诊治小儿生长发育异常（生长发育落后、身材矮小、性早熟、青春期延迟等）、肥胖症伴代谢综合征和甲状腺疾病等内分泌疾病，临床疗效确切，在省内外具有较高的声誉和影响力。最早在我省开展由专科医生结合病史精确评估骨龄，至今为止，已精准评估骨龄4万余例，位居同行前列。主持了2016年中华中医药学会发布的《中医儿科性早熟诊疗指南》修订工作，参与《儿童性早熟中西医结合诊疗指南（2023）》及《中国儿童单纯性肥胖症临床诊治中西医结合专家共识（2023）》制定。长期以来，专科每年定期举办生长发育相关科普公益讲座，是中国儿童生长发育健康科普示范基地。2019年我院成为福州市第一家中国红十字基金会授牌的成长天使基金合作医院，持续为符合条件的孩子申请免费救助。2021 年主持省卫生健康面向农村和城市社区推广适宜技术资助项目“G-P图谱骨龄评估法在儿童生长发育监测中的应用”，为广大从事儿童保健的基层医生提供骨龄评估培训与指导。2024年专科入选中国儿童生长发育中西医结合诊疗能力区域定点带教中心。专科学术带头人杨文庆被聘为中国儿童生长发育中西医结合诊疗能力提升项目执行专家。专科团体成员：杨文庆主任医师、郑怜玉副主任医师、宋郁河副主任医师、陈冬梅副主任医师。周一到周日每天上午均安排有专科门诊。

小儿过敏性疾病专科：应用中西医结合、内服外治的诊疗方法治疗小儿哮喘、鼻炎、湿疹、慢性咳嗽等过敏性疾病，临床疗效显著，深受好评。

腺样体肥大专病门诊：应用中西医结合、内服外治的诊疗方法治疗进行保守治疗，临床疗效显著，可以使多数患儿免于手术。

反复呼吸道感染门诊：应用中西医结合、中药、药膳等综合干预的诊疗方法进行个体化治疗，调理患儿体质，提高免疫力。

厌食、积食与便秘专病门诊：应用中西医结合、中药、饮食调养、外治等综合干预方法，疗效确切，不良反应小。

儿童保健专科：为儿童提供系统保健，如体格生长发育监测、智力及心理测评、骨龄评测及成年身高预测、身高促进、营养评价、喂养指导、常见儿童疾病的防治、小儿中医体质调节，小儿发育行为问题的咨询与矫治等。