肾病科成立于1992年，是国家中医药管理局重点专科、国家中医优势专科、福建省中西医结合肾病重点专科。拥有福建省中医慢性肾病研究实验室（二级）、福建省中医慢性肾脏病研究室。是福建省中医系统首家慢性肾脏病全程管理中心（CKDMC）运行单位。科室拥有一个技术力量雄厚、敢于攻坚克难的医疗护理团队。学术带头人是全国名中医杜建教授。学科带头人吴强主任医师是中华中医药学会肾病分会委员、慢病管理分会常委，中国中医药信息学会肾病分会常务委员，福建省中医药学会肾病分会主任委员、福建省肾病学专业质控中心专委会委员、福建省中西医结合学会肾脏病学会副主任委员、福建省医学会肾脏病专业委员会常务委员、福建省医师协会肾脏内科医师分会常委，学术继承于福建省名中医魏仲南主任医师。

肾病科拥有三间独立的专科门诊，住院病房床位60张，是“全国中医医院优质护理先进病房”、省直“青年文明号”。专科医务人员40余名，其中各级医师15名，以肾脏病中西医结合诊疗及慢病管理作为业务发展方向，以慢性肾衰（慢性肾衰竭）、肾水（原发性肾病综合征）、慢肾风（慢性肾小球肾炎）、急性肾盂肾炎（肾瘅病）为四大优势病种。尤其在慢性肾衰方面，已经形成一套成熟的中西结合诊疗方案，相关研究成果丰富。

腹膜透析技术是本专科传统强项之一，拥有2台自动化腹膜透析机，是全国中医腹膜透析联盟成员单位。全面开展腹透充分性评估、自动化腹膜透析、腹膜平衡试验、定期电话微信随访教育，开设腹透护士专科门诊等措施，腹膜透析规模和各项质量评价指标均在省内处领先地位，并正开展中医药干预腹膜透析的研究。

专科开展祛毒灌肠液保留灌肠、结肠水疗、穴位疗法等中医特色疗法，并创制了具有独特疗效的专科院内制剂（补肾祛毒丸、祛毒灌肠液、肾血宁胶囊、复方龙葵胶囊等）。是国家中医药管理局“高血压肾病”中医指南制定牵头单位。近年中标科研课题多项，不断发表高水平的学术论文，其中《补肾祛毒汤对腺嘌呤肾衰大鼠肾脏 TGF-β1、HGF表达的干预作用》获得福建省自然科学优秀学术论文三等奖。“补肾祛毒汤治疗慢性肾功能衰竭的临床与基础研究”获得福建医学科技奖（恒瑞杯）三等奖。