药学部是集临床、教学、科研于一体的综合性科室。下设中药房、煎药室、门诊西药房、病区药房、急诊药房、临床药学室、制剂室、药物浓度检测室、中西药库等部门。目前，本院药学部是福建省卫健委下属省中药药事质量管理中心、拥有福建省医疗机构中药制剂重点实验室。

临床药学室隶属本院药学部，是我省最早建立临床药学室的中医院。主要从事中药临床药学服务，开展药师查房、临床合理用药、患者用药宣教、药物浓度监测、个体化给药、药物基因组学检测、中药临床药学带教以及中药科普宣传等综合性药学服务。2023年获福建省临床药学与药事管理专科联盟副理事长单位称号。

主要成绩：

近五年，药学部经过不懈努力，获批福建省科技厅重点实验室（福建省医疗机构中药制剂重点实验室）、福建省中药药事管理质量控制中心、闽医疗机构中药制剂传承创新中心等重点项目，推动药学部药事管理及科研水平跃上新的阶段。

药学部连续多年获得“省级青年文明号”、“福州市工人先锋岗”优秀党支部和高校样板党支部等多种荣誉称号；多人获得中国药学会和福建省“优秀药师”、“优秀实习带教教师”；临床药师获外科MDT诊疗大赛二等奖等；2021年积极筹备并成功举办全省中药传统技能大赛，药学部参赛团队获得团体二等奖、个人单项奖、组织奖等多项荣誉。