福建中医药大学附属第二人民医院针灸科是国家中医药管理局针灸学重点专科、全国第七批老中医专家学术继承指导老师单位、华东地区区域中医（针灸）诊疗中心联盟建设单位、福建省吴氏针灸流派传承工作室、福建省针灸重点专科、福建中医药大学针灸学科的重要临床基地、针灸学硕博点。

针灸科拥有博士生导师1位，硕士生导师3位。已培养博士生5人，硕士研究生109人，在读博士生1人，在读硕士生37人；针灸科是福建中医药大学各专业本科生、硕博士研究生的临床实习基地，担任本科生、规培生、进修生的临床带教工作，其中包括来自港澳台地区和国外的学生和进修生。

针灸科主持国家自然科学基金项目2项，省厅级及其他课题20多项，发表学术论文100余篇，其中SCI文章13篇。出版《吴氏浅针术》《快速取穴彩色图解》等26本。

针灸科拥有病房床位46张，年出院1000余人次；门诊床位50张，年门诊量3.5万人次。针灸科拥有雄厚的人才队伍，在传承福建省第六批非物质文化遗产项目——浅针术、无痛弹指进针法等主要技术特色的基础上，以针灸治疗为主，开展埋线、长蛇灸、火针等各种特色治疗方法，中西医结合诊治临床各系统疾病，包括骨关节疾病（膝关节骨性关节炎、颈椎病、腰椎间盘突出、腰肌劳损、肩周炎、肩袖损伤、网球肘、踝关节扭伤、强直性脊柱炎等）、呼吸系统疾病（支气管哮喘、慢性支气管炎、慢性咳嗽等）、消化系统疾病（慢性胃炎、慢性肠炎、胃肠功能紊乱、消化不良、术后肠梗阻等）、心血管疾病（高血压病等）、神经系统疾病（中风后遗症、面瘫、偏头痛等）、泌尿系统疾病（前列腺增生、排尿困难、女性尿道综合征等）、妇科疾病（痛经、月经不调、慢性盆腔炎、不孕等）、眼科疾病（干眼症、眼肌麻痹等）、耳鼻喉科疾病（慢性鼻炎、慢性咽炎、耳鸣耳聋）等、皮肤科疾病（青春痘、湿疹、带状疱疹等）。